En ocasiones las aftas orales son uno de los primeros signos de infecciones virales, como pueda ser el virus del boca-mano-pie o del sarampión. Se cree que ocurren como una respuesta exagerada a cualquier estimulo, en un momento en el que el sistema inmune se encuentra en desequilibrio. Algunos ejemplos de esto son las alteraciones hormonales, infecciones liricas o bacterianas, traumas locales, factores emocionales, etc.
También se pueden relacionar con el consumo de ciertos alimentos, como el kiwi o la piña.